Cymbidium Mosaic Virus (CyMV) dan Odontoglossum Ringspot Virus (ORSV) merupakan dua virus yang paling banyak menyerang tanaman anggrek. Kedua virus ini menjadi salah satu penyebab menurunnya produktivitas tanaman anggrek, baik di Kalimantan Selatan maupun di dunia. Secara molekuler, kedua virus ini dapat dideteksi menggunakan metode RT-PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengarakterisasi keberadaan CyMV danORSV yang menyerang tanaman anggrek indigenous Kalimantan Selatan menggunakan metode RT-PCR. Sebanyak 32 sampel anggrek indigenous Kalimantan Selatan yang menunjukkan gejala serangan kedua virus berhasil dikoleksi, dan 10 sampel diantaranya dikarakterisasi secara molekuler menggunakan metode RT-PCR. Hasil penelitian menunjukaan bahwa seluruh sampel anggrek yang dikarakterisasi secara molekuler tidak terserang virus ORSV (negatif), namun salah satu sampel, yaitu Oncidium sp. terindikasi positif terserang CyMV. Hasil elektroforesis menunjukkan bahwa virus ini berukuran sekitar 530 pasangan basa (bp). Hasil sekuensing dan analisis filogenetik secara in silico menunjukkan bahwa virus tersebut berbeda dengan virus sejenis dari beberapa negara lain, seperti Cina, Jepang, Korea Taiwan, Malaysia, dan India, serta Singapura. Namun demikian, analisis similaritas menunjukkan bahwa virus ini memiliki kemiripan tertinggi dengan isolat virus asal Korea dengan nilai divergensi sebesar 0,029. Hasil penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat sebagai dasar ilmiah bagi para pemulia tanaman serta mendukung upaya konservasi dan pengembangan plasma nutfah anggrek indigenous di Indonesia, terutama Kalimantan Selatan.

Kata kunci : Anggrek indigenous, CyMV, ORSV, RT-PCR, konservasi.