Analisis PCR-RAPD jenis Pn. schlosseri khususnya antar lokasi yang berbeda di beberapa wilayah muara sungai dan pinggiran pantai Kalimantan Selatan belum pernah dilakukan.  Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menemukan primer yang tepat untuk PCR-RAPD, mempelajari keragaman genetik, dan kekerabatan dari Pn. schlosseri. Keragaman genetik Pn. schlosseri dikaji berdasarkan indeks Shannon-wiener (H’) dan indeks similaritas dengan metode PCR-RAPD menggunakan karakter morfometrik dan meristik ikan.  Kekerabatan ikan antara tiga lokasi pengamatan dianalisis menggunakan jarak euclidean dengan metode UPGMA dalam bentuk dendogram.  Lima primer dapat digunakan untuk mengamati polimorfisme yakni OPA-1, OPA-2, OPA-7, OPA-9, dan OPA-10.  Keragaman genetik tiga populasi Timpakul (Pn. schlosseri) kurang dari 30%. Populasi asal Kuala Tanipah menunjukkan jarak morfometrik dan meristik dengan populasi Kuala Lupak sebesar 0,25 sedangkan dengan populasi Kuala Tambangan sebesar 0,4. Populasi Kuala Tambangan berkerabat lebih dekat dengan populasi Kuala Lupak dibandingkan populasi Kuala Tanipah. Indeks similaritas populasi asal Kuala Tambangan dengan Kuala Lupak diatas 0,86 lebih jauh dibandingkan dengan populasi asal Kuala Tanipah dan Kuala Lupak sebesar 0,84.Indek keragaman (H’) timpakul dari tiga populasiadalah sangat tinggi berada diantara 4 s.d 5.

Kata kunci: keragaman genetik, timpakul, PCR-RAPD, hubungan kekerabatan