Post-Translational Modification (PTM) adalah perubahan yang terjadi pada struktur kimiawi protein. Salah satu jenis PTM yaitu asetilasi yang biasa terjadi pada protein lisin dimana PTM jenis ini memainkan peran penting dalam proses biologis. Penelitian yang telah ada mengidentifikasi asetilasi lisin dengan menggunakan metode komputasi, salah satunya yaitu klasifikasi. Metode untuk klasifikasi protein telah dikembangkan, namun masih banyak yang bisa dieksplorasi kembali untuk mengidentifikasi asetilasi lisin. Klasifikasi protein dimulai dengan mengekstraksi sekuens protein menjadi fitur numerik dengan deskriptor protein yang dalam penelitian ini menggunakan Amino Acid Composition, Dipeptide Composition, dan Tripeptide Composition. Selain itu, segmentasi protein yang berfungsi untuk meningkatkan kinerja klasifikasi dari deskriptor protein tersebut juga digunakan. Selanjutnya, klasifikasi protein dilakukan dengan metode Support Vector Machine. Support Vector Machine adalah metode klasifikasi yang dapat digunakan untuk identifikasi protein. Penelitian ini memberikan hasil kinerja yang terbaik pada penggunaan deskriptor Amino Acid Composition serta peningkatan akurasi yang didapatkan dari penggunaan segmentasi protein.

Kata kunci : asetilasi lisin, segmentasi protein, Amino Acid Composition, Dipeptide Composition, Tripeptide Composition, klasifikasi protein, Support Vector Machine