Ketiga  lokasi  budidaya  ikan  di  sungai  Riam  Kanan    mempraktikkan  sistem pengairan  dan  pemupukan   berbeda.  Penelitian  ini  bertujuan  membandingkan struktur komunitas plankton, mengetahui faktor fisika kimia yang berhubungan dengan  kelimpahan  plankton  dan  kesuburan  kolam  budidaya  ikan.  Penelitian dilakukan di Balai Budidaya Air Tawar (BBAT) Mandiangin, Balai Benih dan Induk Ikan Air Tawar (BB-IAT) Karang Intan dan kawasan minapolitan Cindai Alus dengan menggunakan metode observasi. Sampel air diambil secara komposit dari 6 ulangan pada 12 stasiun. Parameter yang diukur adalah suhu, kecerahan, pH, besi, amoniak bebas, nitrat, fosfat, DO, BOD dan analisis plankton. Data diuji secara  statistik  dengan  cluster,  korelasi  Pearson  dan  regresi.  Hasil  penelitian menunjukan terdapat perbedaan struktur komunitas plankton pada kolam ikan dirangkum  dalam  5  kelompok  cluster.  Kelimpahan  fitoplankton  memiliki hubungan  nyata  dengan  pH,  suhu,  DO,  dan  amoniak  bebas.  Kelimpahan zooplankton  memiliki  hubungan   nyata  dengan  pH,  DO,  BOD,  dan  amoniak bebas. Kolam benih termasuk kategori eutrofik didominasi oleh Bacillarophyta dan Amoboezoa di BBAT Mandiangin, sedangkan di BB-IAT Karang Intan dan Cindai Alus didominasi Cyanophyta dan Rotifera.  Saluran inlet BB-IAT Karang Intan dan kolam induk ikan termasuk kategori mesotrofik. Kolam outlet BB-IAT Karang Intan, saluran inlet BBAT Mandiangin dan kolam inlet di Cindai Alus termasuk  kategori  oligotrofik.  Dengan  demikian  struktur  komunitas  plankton kolam  ikan bervariasi meskipun pada kondisi ekologi yang sama.

Kata Kunci : plankton, kolam ikan, Riam Kanan, struktur komunitas