Penelitian bertujuan menganalisa pengaruh waktu aplikasidalam jenis media Trichoderma spp. yang berbeda terhadap Insidensi penyakit moler serta pertumbuhan dan hasil bawang merah. Penelitian dilaksanakan bulan Februari sampai Juni 2019 di kabupaten Tabalong Kalimantan Selatan, dengan Rancangan Acak Lengkap (RAL) Faktorial dua faktor pola tersarang (two nested design).Faktor I jenis media aplikasi Trichoderma spp yaitu padat dan cair. Faktor II waktu aplikasi Trichoderma spp, yaitu taraf 1 Trichoderma spp diaplikasikantujuhhari setelah tanam,Fusarium sp.tujuhhari sebelum tanam, taraf 2 Trichoderma spp diaplikasikan tujuh  hari sebelum tanam,Fusarium sp.bersamaan saat tanam dan taraf 3 Trichoderma spp diaplikasikan bersamaan saat tanam, Fusarium sp.tujuhhari setelah tanam. Penelitian dilengkapi satu kontrol positif (tanpa perlakuan), satu kontrol negatif (bawang merah diinokulasi Fusarium). Perlakuan diulang tiga kali, tiap satuan percobaan menggunakan 10 tanaman. Parameter meliputi masa inkubasi Fusarium sp,Insidensi penyakit, jumlah daun, tinggitanaman,jumlah siung dan bobot rata-rata umbi. Hasil penelitian menunjukkan waktu aplikasi dalam jenis media Trichoderma yang berbeda serta masing-masing jenis media dan waktu aplikasi Trichodermayang berbeda memberikan pengaruh terhadap Insidensi penyakit moler serta pertumbuhan dan hasil bawang merah.Jenis media aplikasi padat memberikan tingkat Insidensi penyakit moler lebih rendah daripada jenis media aplikasi cair. Waktu aplikasi jenis media padat memberikan respon penyakit moler rendah dan jenis media cair tingkat Insidensi penyakit moler paling rendah diaplikasikan pada saat tujuh hari sebelum tanam.

Kata Kunci : Penyakit bawang merah, Agensia Hayati, Aplikasi Trichoderma