Kalimantan merupakan pusat persebaran dan keanekaragaman tertinggi plasma nutfah durian (Durio spp.) di dunia. Daerah ini memiliki 18 jenis durian dari 20 jenis yang dapat ditemukan di Indonesia, bahkan 14 jenisnya merupakan endemik. Namun akibat deforestasi dan kebakaran hutan, pembalakan liar, serta berbagai aktivitas manusia lainnya, keberadaan beberapa spesies durian telah terancam. Penelitian ini bertujuan menentukan status keragaman dan kekerabatan genetik durian (Durio spp.) endemik Kalimantan menggunakan penanda DNA barcoding, yaitu rbcL. Dua puluh sampel Durio spp. telah berhasil dikoleksi, namun hanya sembilan belas sampel Durio spp. berhasil dikarakterisasi menggunakan penanda molekuler. Hasil penelitian menunjukan bahwa Durian (Durio spp.) memiliki tingkat keragaman nukleotida relatif tinggi, sebesar 0,015. Sementara itu, hasil rekonstruksi filogenetik memisahkan Durio spp. menjadi 5 kelompok (klad), yang didalamnya durian Trako (D. graveolens) memisah relatif jauh dengan spesies durian lainnya, termasuk D. zibethinus. Hasil penelitian ini diharapkan dapat digunakan sebagai acuan untuk mendukung kegiatan pelestarian dan pemuliaan tanaman durian di Indonesia, khususnya di Kalimantan.