ABSTRAK

PEMODELAN STRUKTUR TIGA DIMENSI (3D) ENZIM SUPEROXIDE DISMUTASE (SOD) DARI PADI (Oryza sativa) DENGAN METODE FOLD RECOGNITION MENGGUNAKAN WEB SERVER PHYRE²(Oleh : Khairil Anwar; Pembimbing : Noer Komari; 2021; 54 Halaman)

Fungsi protein dapat ditentukan setelah mengetahui bentuk 3 dimensi (3D). Penentuan struktur 3D protein dapat dilakukan dengan menggunakan instrumentasi di laboratorium namun memakan waktu dan biaya yang mahal. Salah satu metode in silico yang dapat digunakan sebagai alternatif untuk memprediksi struktur tiga dimensi protein adalah metode fold recognition. Penelitian ini bertujuan membuat model struktur tiga dimensi protein superoxide dismutase pada padi (Oryza sativa) dengan metode fold recognition. Pemodelan struktur tiga dimensi protein dilakukan dengan web server Phyre². Sekuen protein didapat dari database UniProt KB dengan kode A0A6F8FUX1. Hasil penelitian menunjukkan template yang digunakan untuk membangun model adalah template dengan kode c1unfX. Template c1unfX memiliki nilai coverage 80%, confidence 100% dan i.d. 51%. Hasil validasi model menggunakan program PROCHECK adalah daerah most favored pada Ramachandran Plot sebesar 87,8% dan daerah yang disallowed sebesar 1,1%. Daerah disallowed yang masih dibawah 15% menunjukkan model struktur tiga dimensi protein superoxide dismuatse yang dibangun dari template c1unfXbernilai baik.

Kata Kunci : fold recognition, Phyre², struktur 3D protein, superoksida dismutase