Wilayah estuari Bunati merupakan wilayah perairan yang memiliki berbagai macam aktivitas masyarakat disekitarnya. Adanya kegiatan tersebut menyebabkan perubahan kondisi perairan baik kimia maupun fisika. Makrozoobentos merupakan komponen biologi yang dimanfaatkan untuk mengetahui perubahan kualitas perairan yang terkena dampak dari perubahan kondisi lingkungan. Tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui komunitas makrozoobentos, menghubungkannya dengan faktor pembatas, mengetahui hubungan makrozoobentos dengan faktor pembatas dan mengetahui tingkat kesamaan makrozoobentos antar stasiun. Hasil penelitian dari 5 stasiun di estuari Bunati ditemukan sebanyak 15 spesies dari 3 kelas, yaitu gastropoda (8 spesies), bivalvia (4 spesies) dan malacostaca (3 spesies). Nilai kepadatan relatif pada seluruh pengambilan sampel berkisar antara 1 – 26% Nilai faktor pembatas yang didapatkan secara keseluruhan masih dalam nilai toleransi kelangsungan hidup makrozoobentos. Indeks korelasi yang didapatkan memiliki 2 nilai korelasi yaitu korelasi negative (suhu, kedalaman, pH, DO dan salinitas) dan korelasi positif (kecepatan arus dan sedimen). Sedangkan indeks similaritas yang didapatkan menunjukan nilai 5 – 75 %.