Pemungutan pajak BPHTB dalam sistem perpajakan Indonesia merupakan perwujudan, dan peran serta wajib pajak untuk pembiayaan daerah pada khususnya dan pembangunan nasional Dalam undang-undang yang berlaku pemungutan BPHTB ini sudah diatur, namun permasalahan sering kali muncul karena tidak puasnya wajib pajak atas besarnya pajak yang ditetapkan atau atas dikeluarkan SKPDKB oleh Pemerintah Daerah. Ada perbedaan nilai dasar yang digunakan oleh wajib pajak dan Fiskus untuk menghitung BPHTB, wajib pajak dalam menghitung pajak menggunakan nilai dasar tanah saja sedangkan Pemerintah Daerah menggunakan nilai dasar tanah ditambah dengan nilai bangunan dan standar investasi tanaman yang ada diatas tanah. Putusan Pengadilan Pajak Nomor: PUT-114035.32/2016/ PP/M.VIA Tahun 2018 dan Putusan Pengadilan Pajak Nomor: PUT-087766.32/2014/PP/M.XB Tahun 2018 membenarkan koreksi terbanding dalam pembayaran BPHTB, namun berbeda dengan dua putusan sebelumnya, dalam Putusan Pengadilan Pajak Nomor: PUT-82646/PP/M. XVIIB/19/2017 Majelis Hakim berpendapat bahwa yang dijadikan nilai perhitungan hanya nilai dasar tanah nya saja tanpa memperhitungkan nilai bangunan dan standar investasi tanaman. Pemegang hak baru yang akan melakukan perpanjangan jangka waktu hak guna usaha tidak dikenakan BPHTB, bukan perpanjangannya yang menimbulkan hutang BPHTB, akan tetapi terjadinya peralihan hak lah yang dikenakan BPHTB. Sengketa terjadi karena terdapat perbedaan nilai yang dijadikan dasar perhitungan oleh dua pihak, sehingga adanya koreksi oleh Terbanding yang ditetapkan untuk mengkoreksi pembayaran BPHTB. Terdapat Perbedaan antara perkara yang ditolak oleh Majelis dan yang dikabulkan oleh Majelis, pada 2 perkara yang ditolak, terdapat kelalaian Pemohon Banding dalam memenuhi syarat yang ada dalam IUP dan Izin Lokasi untuk memperoleh HGU dalam jangka waktu tertentu.