Kalimantan Selatan sebagai salah satu provinsi di Indonesia mempunyai banyak jenis pangan tradisional yang tergolong dalam produk fermentasi, beberapa diantaranya adalah mandai cempedak, jaruk tigarun, dan jaruk tarap. Umumnya, fermentasi pangan melibatkan satu atau beberapa macam kelompok khamir, bakteri, dan kapang yang bekerja secara simbiotik. Khamir dan kapang baik sendiri atau berasosiasi memiliki pengaruh substansial pada rasa, aroma, tekstur, dan nilai gizi produk fermentasi tetapi dapat juga menyebabkan kerusakan pada pangan.  Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi khamir dan kapang dari mandai cempedak, jaruk tigarun jaruk tarap olahan sendiri dan jaruk tarap asal pasar dengan mengisolasi dan mengkarakterisasi khamir dan kapang pada masing-masing makanan fermentasi tersebut. Mikroorganisme diisolasi dari sampel dan dibedakan atas khamir dan kapang, dimurnikan dan dikarakterisasi. Karakterisasi khamir dan kapang meliputi morfologi makroskopis dan mikroskopis, reproduksi vegetatif dan seksual serta karakter fisiologis dan biokimia. Dari penelitian ini diperoleh genus Pichia yang diisolasi dari mandai cempedak (1), jaruk tigarun (3), jaruk tarap olahan sendiri (3), dan jaruk tarap asal pasar (3); genus Candida yang diisolasi dari  mandai cempedak (3) dan jaruk tarap olahan sendiri (2); genus Geotrichum yang diisolasi dari mandai cempedak (4); dan genus Saccharomyces yang diisolasi dari jaruk tigarun (2), jaruk tarap olahan sendiri (3), dan jaruk tarap asal pasar (1). Kapang Penicillium sp. dan Fusarium sp. ditemukan pada fermentasi mandai cempedak.
Kata kunci : khamir, kapang, mandai cempedak, jaruk tigarun, jaruk tarap