Kualitas air sungai di sekitar keramba Sungai Alang menurun karena adanya limbah organik yang berasal dari sisa pakan yang tidak termakan oleh ikan dan kematian massal ikan. Kematian massal ikan yang selama ini diusahakan masyarakat dan pakan ikan dari banyaknya keramba menjadi pemicu utama pencemaran senyawa nitrogen. Nitrogen yang mencemari sungai tersebut diantaranya yaitu nitrogen nitrat (NO₃-N) dan nitrogen amonia (NH₃-N). Proses degradasi limbah dari pencemaran amonium yang mengganggu kelangsungan hidup biota perairan membutuhkan potensi mikroba pengendali pencemaran sungai sehingga pada penelitian ini dilakukan eksplorasi bakteri yang diawali dengan karakterisasi bakteri melalui pengamatan morfologi koloni bakteri berupa bentuk dan warna koloni, bentuk tepian koloni, ukuran koloni, morfologi permukaan koloni.