Tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui jenis-jenis lamun, mengetahui kerapatan dan persentase dan mengetahui hubungan kerapatan parameter lingkungan. Adapun kegunaan penelitian ini sebagai bahan informasi dalam pengolahan lingkungan pesisir dan sebagai bahan referensi untuk melakukan penelitian lebih lanjut terhadap ekosistem padang lamun. Penelitian ini dilaksanakan di perairan Pulau Karajaan dan Pulau Tepian Mataja pada bulan April - Oktober 2021. Adapun jenis lamun yang didapat ada 5 jenis yaitu Cymodocea serrulata, Halophila minor, Halophila ovalis, Halodule uninervis dan Thalassia hemprichii. Nilai kerapatan lamun di Pulau Karajaan dan Pulau Tepian Mataja Kabupaten Kotabaru untuk Cymodocea serrulata adalah 48 ind/m², Halophila minor 397 ind/m², Halophila ovalis 42 ind/m², Halodule uninervis 115 ind/m² dan Thalassia hemprichii 4 ind/m². Persentase tutupan lamun di Pulau Karajaan dan Pulau Tepian Mataja Kabupaten Kotabaru adalah 41,38% termasuk dalam kategori “Sedang”.