Sungai Barito yang panjangnya sekitar 900 km merupakan sungai besar yang penting di Kalimantan. Penelitian dilakukan di Sub Das Nagara, Sub Das Marabahan dan Sub Das Kuin. Berdasarkan perhitungan indeks keanekaragaman plankton pada Sub Das Nagara untuk fitoplankton dan zooplankton termasuk dalam kategori perairan tidak tercemar, Sub Das Marabahan untuk fitoplankton termasuk dalam kategori perairan tercemar sedang dan zooplankton termasuk dalam kategori perairan tercemar berat, Sub Das Kuin untuk fitoplankton termasuk dalam kategori perairan tercemar ringan dan zooplankton termasuk dalam kategori perairan tercemar sedang. Koefisien Saprobik plankton di Das Barito pada Sub Das Nagara dan Sub Das Marabahan termasuk kategori  perairan β-Mesosaprobik, sedangkan pada Sub Das Kuin nilai indeks koefisien saprobik plankton termasuk kategori  perairan α-Mesosaprobik. Perhitungan kelimpahan plankton pada stasiun I, II dan III termasuk dalam kategori perairan kesuburan sedang. Bedasarkan perhitungan indeks keseragaman pada stasiun I,II dan III termasuk dalam kategori perairan dengan keseragaman jenis tinggi dan berdasarkan indeks dominasi pada stasiun I,II dan III tidak ada jenis plankton yang mendominasi.