Teknik Sodium dodecyl-sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) telah umum digunakan untuk menseparasi protein dengan resolusi tinggi. Pada penelitian ini profil protein dari ketujuh ikan Siluroidei asal Kalimantan Selatan untuk pertama kalinya telah ditemukan. Ikan Siluroidei diantaranya merupakan ikanikan yang umum diperjualbelikan dan ikan terbanyak kedua di Sungai Barito, Kalimantan Selatan. Protein Sarkoplasma telah diekstraksi menggunakan buffer Tris/EDTA pH 8,3. Hasil menunjukkan profil protein ikan Baung Mystus nemurus memiliki 18 band dengan berat molekul berkisar 28,473 – 168,819 kDa; Lais Kriptopterus kriptopterus 20 band: 28,054 - 171,889 kDa; Riu Pangasius polyuranodon 19 band: 28,007 - 170,141; Lundu Mystus negriceps 18 band: 28,193 – 170,069 kDa; Pentet Clarias neuihofii 18 band: 28,015 - 170,069 kDa; Sembilang Plotosus canius 16 band: 29,355 – 170,069 kDa; dan pada ikan Tapah Wallago leerii 17 band dengan berat molekul berkisar 28,811 - 170,778 kDa. Ditemukan pula band dengan berat molekul beragam yang dapat diasumsikan sebagai protein Aktin, Tropomiosin, Troponin T, β aktinin, γ aktinin, Eu aktinin, Creatin kinase, Haemoglobin, Ca-activatednetral, Troponin, dan Prokolagen C-Proteinase. Klasterklaster yang muncul pada dendrogram analisis kekerabatan berdasarkan berat molekul menunjukkan ke tujuh spesies tersebut dikelompokkan ke dalam dua klaster utama (dua populasi utama) K1 dan K2 dengan lima sub klaster (sub populasi).
Kata Kunci: Siluroidei, Band, Profil Protein, SDS-PAGE.