ANALISIS POPULASI SEKUEN D-loop DNA MITOKONDRIA (mtDNA)
TIKUS (Mus musculus) DARI GENBANK NCBI (Oleh Zakiyatur Rofi’ah;
Pembimbing: Dr. Tanto Budi Susilo, S.Si, M.Si , Oni Soesanto, S.Si, M.Si; 2018;
56 halaman)
Sekuen D-loop mtDNA tikus telah digunakan sebagai penentu jarak genetika dan
sebaran. Penelitian ini telah banyak dilakukan berbagai negara di dunia, seperti
Mus musculus (Jepang dan Portugal); Mus musculus domesticus (Amerika Serikat,
Inggris, Italia, Jerman, Kanada, Portugal, Swedia, dan Turki); Mus musculus
castaneus (Amerika Serikat, Kanada, Portugal, dan Taiwan); Mus musculus
molossinus (Amerika Serikat, Jepang dan Portugal); dan Mus musculus musculus
(Portugal dan Swedia), namun belum dirangkum secara keseluruhan. Penelitian
ini dilakukan dengan cara mengumpulkan sekuen sebanyak 229 data dari
GenBank NCBI. Selanjutnya dianalisis dengan menggunakan metode
Spreadsheet, PHYLIP, dan ANN yang kemudian divisualisasi menggunakan
TreeView dan MatLab. Hasilnya menunjukkan bahwa jarak genetika antar
individu sekuen tikus dengan Spreadsheet adalah 0 yang terdapat pada GQ871746
(Jerman) dengan EF108344 (Portugal) dan sebaran berpusat di Taiwan. Jarak
genetika antar individu sekuen tikus dengan PHYLIP adalah 100% yang terdapat
pada GQ871746 (Jerman) dengan EF108344 (Portugal) dan sebaran berpusat di
Jerman. Jarak genetika antar populasi sekuen tikus dengan Spreadsheet adalah
1,03 yang terdapat pada populasi Jerman dengan Portugal dan sebaran berpusat di
Taiwan. Jarak genetika antar populasi sekuen tikus dengan ANN adalah 1,2192
yang terdapat pada populasi Jerman dengan Portugal dan sebaran berpusat di
Jepang.
Kata kunci: D-loop, mtDNA tikus, NCBI, Spreadsheet, ANN.