ANALISIS POPULASI SEKUEN D-loop DNA MITOKONDRIA (mtDNA) PADA
KERBAU (Bubalus bubalis & Syncerus caffer) DARI GENBANK DDBJ
(Oleh Yulia Masturini; Pembimbing: Dr. Tanto Budi Susilo, S.Si, M.Si.,
Oni Soesanto, S.Si., M.Si.; 2018; 69 halaman)
Sekuen D-loop mtDNA kerbau telah digunakan sebagai penentu jarak genetika dan
sebaran migrasi. Penelitian Bubalus bubalis telah dilakukan di Mesir, Cina, India,
Indonesia, Irlandia, Pakistan, Filipina, dan Thailand), Bubalus bubalis carabanensis
di India, dan Syncerus caffer di Afrika Selatan, Belgia, Belanda, Denmark, dan
Norwegia, namun belum dirangkum secara keseluruhan. Penelitian ini dilakukan
dengan cara mengumpulkan 400 sekuen D-loop mtDNA kerbau yang diambil dari
GenBank DDBJ. Selanjutnya dianalisis dengan menggunakan metode Spreadsheet,
PHYLIP, ANN, dan visualisasi dengan TreeView dan MatLab. Hasilnya
menunjukkan bahwa jarak genetika antar individu sekuen kerbau dengan
Spreadsheet adalah 0 yang terdapat pada DQ364163 (Cina) dengan KR872756
(Indonesia) dan KR872764 (Indonesia) dan sebaran berpusat di India. Jarak genetika
antar individu sekuen kerbau dengan PHYLIP adalah 100% yang terdapat pada
DQ364163 (Cina) dengan KR872756 (Indonesia) dan KR872764 (Indonesia) dan
sebaran berpusat di Cina. Jarak genetika antar populasi sekuen kerbau dengan
Spreadsheet adalah 0,2040 yang terdapat pada unit populasi Cina dengan Indonesia
dan sebaran berpusat di Norwegia. Jarak genetika antar populasi sekuen kerbau
dengan ANN adalah 0,1460 yang terdapat pada unit populasi Cina dengan Indonesia
dan sebaran berpusat di Norwegia.
Kata Kunci: D-loop, mtDNA Kerbau, DDBJ, Spreadsheet, ANN