Logam berat Hg yang masuk ke dalam perairan dapat berasal dari berbagai sumber, seperti aktivitas pertambangan emas, pabrik cat, serta penggunaan pestisida. Ikan gelodok merupakan ikan yang cukup banyak ditemukan di perairan estuari Sungai Barito dan merupakan salah satu jenis organisme air yang mampu mengakumulasi logam berat. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui bioakumulasi logam Hg dalam organ hati dan ginjal ikan gelodok dari stasiun sungai dan pantai serta mengetahui kualitas air perairan Barito berdasarkan metode storet. Metode pada penelitian ini menngunakan purpossive sampling. Perhitungan bioakumulasi logam berat Hg dilakukan menggunakan  rumus BAF (Bioaccumulation Factors) dan untuk kualitas air menggunakan metode storet yang mengacu pada KEPMEN-LH No. 51 Tahun 2004. Hasil penelitian menunjukkan nilai bioakumulasi logam berat Hg pada organ hati dan ginjal di muara sungai masing-masing 2,231 ppm dan 2,817 ppm sedangkan bioakumulasi logam Hg organ hati dan ginjal dari pesisir pantai adalah 5,573 ppm dan 4,186 ppm. Hasil analisis statistik logam berat Hg di muara sungai dalam air (0,075), sedimen (0,017),    hati (2,231) dan ginjal (2,817) sedangkan dari pesisir pantai pada air (0,075a), sedimen (0,023a), hati (5,573c), dan ginjal (4,186b). Kualitas air dari muara sungai dan pantai masing-masing memiliki skor -11 dan -15. Kesimpulan dari penelitian ini bioakumulasi logam Hg pada organ hati dan ginjal ikan gelodok termasuk kelompok akumulatif rendah baik dari stasiun sungai maupun pantai, berdasarkan analisis statistik pada stasiun sungai memiliki perbedaan tidak nyata sedangkan pada stasiun pantai memiliki perbedaan nyata, serta kualitas air di muara sungai maupun pesisir pantai tergolong kelompok C yang tercemar sedang.

Kata kunci: Bioakumulasi, Hg, Metode storet, Periophthalmodon schlosseri