Padi beras merah (Oryza nivara) mulai intensif ditanam karena kebutuhan yang semakin meningkat. Layu Fusarium merupakan salah satu penyakit utama pada beberapa tanaman pangan.Gejala tanaman layu sudah sering ditemukan di pembibitan dan dilahan. Alternatif pengendalian yang aman dan ramah lingkungan menggunakan agensia hayati.PGPR (Plant Growth Promoting Rhizobacteria) mengandung agen pengendali hayati dan masih sedikit info tentang aplikasinya pada beras merah.. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas waktu aplikasi PGPR yang paling efektif dalam mengendalikan penyakit layu Fusarium pada persemaian padi beras merah keramat. Metode penelitian yang dilakukan menggunakan percobaan Rancangan Acak Lengkap (RAL) satu faktor yang terdiri dari 8 perlakuan waktu aplikasi dengan 3 ulangan. Hasil penelitian menunjukan bahwaaplikasi PGPR dengan perendaman benih selama 24 jam sebelum tanam efektifdalam mengendalikan penyakit layu Fusarium. Aplikasi PGPR pada benih tidak menurunkan daya kecambah (tetap 100%), dan tidak memepngaruhi tinggi tanaman.