Pembelajaran saat pandemi menyebabkan hasil belajar kognitif dan keterampilan berpikir kritis peserta didik rendah. Penelitian ini bertujuan untuk (1) menjelaskan pengaruh penggunaan e-LKPD pada protista terhadap hasil belajar kognitif produk. (2) menjelaskan pengaruh penggunaan e-LKPD pada protista terhadap hasil belajar kognitif proses. (3) mendeskripsikan kecenderungan peningkatan keterampilan berpikir kritis peserta didik konsep protista menggunakan LKPD-elektronik. Penelitian kognitif produk dan kognitif proses menggunakaneksperimen semu (quasi experiment), sedangkan penelitian keterampilan berpikir kritis menggunakan deskriptif. Sampel penelitian diambil dengan teknik purposive sampling, pada penelitian kognitif produk dan proses menggunakan peserta didik kelas X MIPA 1, X MIPA 2, dan X MIPA 3, keterampilan berpikir kritis menggunakan kelas perlakuan dan kontrol. Teknik analisis data kognitif produk dan kognitif proses melalui soal pretest dan posttest menggunakan analisis kovarian dengan aplikasi Statistical Package for the Social Sciences (Program SPSS 22). Hasil data keterampilan berpikir kritis menggunakan uji deskriptif dengan penskoran kategorisasi sangat baik (91%-100%), baik (71%-90%), cukup (61%-70%), dan kurang (<61%). Hasil penelitian menunjukkan (1) terdapat pengaruh penggunaan e-LKPD terhadap hasil belajar kognitif produk (sig. 0,000), (2) terdapat pengaruh penggunaan e-LKPD terhadap hasil belajar kognitif proses (sig. 0,000), (3) Penggunaan e-LKPD pada konsep Protista pada Keterampilan berpikir kritis peserta didik pada aspek interpretasi, analisis, evaluasi dan eksplanasi kategori baik, aspek inferensi dan pengaturan diri kategori cukup baik namun tetap mengalami peningkatan selama proses pembelajaran.