Kanker merupakan salah satu penyakit mematikan di dunia dan salah satu dia antaranya adalah kanker serviks. Salah satu turunan bahan alam yang berpotensi sebagai agen antikanker serviks adalah turunan senyawa naftokuinon. Studi hubungan kuantitatif struktur-aktivitas (HKSA) dapat digunakan untuk mengevaluasi potensi senyawa naftokuinon. Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan deskriptor molekuler senyawa turunan naftokuinon yang berpengaruh signifikan terhadap aktivitas antikanker sel HeLa dan menyusunnya menjadi suatu model HKSA yang valid. Sebanyak 15 senyawa dari turunan naftokuinon digunakan untuk pemodelan. Deskriptor yang dicoba meliputi deskriptor topologi dan deskriptor sifat fisiko-kimia sebanyak 1.863 buah. Dengan melalui analisis korelasi diperoleh 17 deskriptor yang layak untuk diuji dalam pemodelan.  Dengan metode backward, diperoleh 3 deskriptor yang berpengaruh signifikan terhadap aktivitas, yaitu AATSC6Z, AATSC7m, dan MAXaaCH. Model RLB berbasis 3 deskriptor ini memenuhi persyaratan goodness of fit dengan R =0,873, R² = 0,763, R²_Adjusted =0,698, nilai F = 0,0009 (F_tabel = 11,778). Hasil uji validasi dengan metode CV-LOO diperoleh nilai Q² = 0,572 dan CV-LMO diperoleh nilai Q² = 0,518 sehingga model HKSA ini dapat dinyatakan sebagai model HKSA yang valid.