Pengendalian penyakit moler pada tanaman bawang merah yang disebabkan oleh Fusarium oxysporum f.sp cepae menggunakan tiga isolat Trichoderma sp. asal pasang surut. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk mengetahui kemampuan tiga isolat Trichoderma sp. asal lahan rawa pasang surut dalam mengendalikan penyakit moler pada bawang merah. Rancangan penelitian menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) satu faktor dengan 6 perlakuan dan 4 ulangan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Trichoderma sp. mampu menekan serangan penyakit layu Fusarium pada tanaman bawang merah. Intensitas serangan tertinggi ditemukan pada perlakuan kontrol yaitu tanaman yang diinokulasi Fusarium oxysporum dengan nilai sebesar 100%, sedangkan tanaman bawang merah yang diberi perlakuan Trichoderma sp. mampu menahan serangan F. oxysporum dengan intensitas serangan sebesar 0%. Untuk pengamatan tinggi tanaman,  nilai tertinggi dihasilkan pada perlakuan kontrol positif yaitu bawang merah yang tidak diberi Trichoderma sp. dan tidak diinokulasi dengan F. oxysporum yakni sebesar 33,27 cm, ini tidak berbeda nyata dengan  tinggi tanaman yang diberi perlakuan dengan  Trichoderma sp. isolat Kaladan dan nilai terendah  pada perlakuan Trichoderma isolat Barambai 28.50 cm. Hasil produksi pada parameter jumlah umbi nilai tertinggi pada perlakuan Trichoderma isolat Kaladan 9.70 siung dan terendah pada kontrol  F.oxysporum 5.68 siung. Berat basah umbi tertinggi perlakuan Trichoderma isolat Kaladan 42.18 g, terendah perlakuan kontrol  F. oxysporum 29.99 g. Berat kering umbi tertinggi pada perlakuan Trichoderma isolat Kaladan 24.57 g, terendah perlakuan kontrol  F.oxysporum 8.95 g. Diameter umbi nilai tertinggi perlakuan Trichoderma isolat Kaladan 1.74 cm, terendah kontrol  F.oxysporum 1.15 cm. Secara keseluruhan dapat disimpulkan bahwa ketiga isolat Trichoderma sp. efektif mengendalikan penyakit moler pada tanaman bawang merah. Bawang merah yang diberi perlakuan Trichoderma sp. tidak berpengaruh terhadap tinggi tanaman, tetapi mampu meningkatkan jumlah umbi, berat basah, berat kering, dan diameter umbi dibandingkan dengan tanaman bawang merah yang tidak diberi Trichoderma sp. dan diinokulasi dengan Fusarium oxysporum f.sp. cepae.