Kelemahan media sekam bakar dalam sistem fertigasi adalah mudah menyerap dan mengeluarkan air. Modifikasi media tanam pada berbagai interval nutrisi dapat direkomendasikan. Penelitian ini bertujuan menganalisis pengaruh interaksi modifikasi media tanam pada berbagai interval pemberian nutrisi terhadap pertumbuhan dan hasil tomat belinjan sistem fertigasi, menganalisis pengaruh masing-masing perlakuan, dan mengetahui kombinasi terbaik. Penelitian ini dilakukan dalam green house dengan rancangan perlakuan Rancangan Petak Terbagi (RPT). Faktor pertama sebagai Petak Utama (PU) yaitu  interval pemberian nutrisi (b) terdiri dari 3 taraf : b₁ (3 kali sehari), b₂ (5 kali sehari) dan b₃ (7 kali sehari) dan faktor ke dua sebagai Anak Petak (AP) yaitu modifikasi media tanam (a) perbandingan sekam bakar : pupuk kandang : cocopeat perbandingan terdiri 4 taraf dari : a_0 (sekam bakar), a₁ (2:1:1), a₂ (1:2:1), dan a₃ (1:1:2). Hasil penelitian menunjukan terdapat pengaruh interaksi perlakukan pada petak utama dan anak petak  interval pemberian nutrisi dan modifikasi media tanam terhadap peubah kadar brix tomat belinjan. Faktor tunggal modifikasi media tanam berpengaruh terhadap peubah rata-rata jumlah buah pertandan,  laju pertumbuhan relatif 59-73 hst dan nisbah tajuk akar. Kombinasi perlakuan terbaik terhadap peubah kadar brix 5,70 (kelas brix rendah sampai rata-rata) taraf  interval pemberian nutrisi 7 kali per hari dan media sekam bakar 100% (b3a0).