Peradilan Agama sebagai Peradilan Negara memiliki kekhususan subjek hukum berupa orang-orang yang beragama Islam. Materi hukum Peradilan Agama juga memiliki kaitan dengan hukum Islam. Padahal Peradilan Negara menegakan hukum berdasarkan Pancasila dan tidak boleh membeda-bedakan orang. Penelitian ini berfokus pada dua isu, yang pertama mengkaji kedudukan Peradilan Agama dalam sistem hukum Indonesia. Isu yang kedua adalah penegakan hukum Islam melalui kompetensi mengadili Peradilan Agama. Penelitian ini merupakan penelitian normatif dengan menggunakan tiga pendekatan, yaitu peraturan perundang-undangan, konseptual, dan historis.

Hasil penelitian mengemukakan kesimpulan bahwa Peradilan Agama dalam sistem hukum Indonesia memiliki kedudukan ganda. Yaitu sebagai Peradilan Islam pada aspek filosofis dan historis, dan sebagai Peradilan Negara pada aspek yuridis dan administrasi. Kedudukan ganda Peradilan Agama sebagai Peradilan Islam dan Peradilan Negara memungkinkan terjadi jika melihat kepada relasi antara agama dan Negara di Indonesia yang menggunakan pola pemilahan, ada urusan agama yang dapat atau harus diatur oleh Negara. Rekonstruksi kedudukan Peradilan Agama tersebut menimbulkan efek eksistensi hukum agama Islam yang ditegakkan di dalamnya. Kompetensi mengadili Peradilan Agama mencerminkan adanya penegakan hukum Islam dalam sistem hukum Indonesia meskipun tidak ideal sebagaimana konsep Peradilan Islam. Penulis menawarkan adanya pengaturan baru kompetensi Peradilan Agama, baik dalam bentuk pengembalian/rehabilitasi sebagaimana konsep ideal Peradilan Islam, atau dalam bentuk penambahan dan pengembangan.