Pengetahuan dan pemahaman struktur tiga dimensi protein sangat dibutuhkan dalam memahami sifat dan fungsi protein pada tingkat molekular. Ada kesenjangan jumlah antara penentuan struktur tiga dimensi protein dengan jumlah penentuan sekuen protein. Pendekatan in silico dapat digunakan untuk memprediksi struktur tiga dimensi protein berdasarkan sekuan protein. Tujuan penelitian adalah memodelan struktur tiga dimensi enzim katalase dari padi (Oryza sativa) dengan metode homology modeling menggunakan Swiss-Model.Sekuen protein target berupa enzim katalase dari padi diambil dari database NCBI. Hasil penelitian menunjukkan bahwa model yang diperoleh relatif baik dengan parameter evaluasi antara lain: nilai MolProbity sebesar 1,68; clashscore 5,52; Ramachandran plot (favoured region 95,37%; outlier region 0,84%; rotamer outlier 1,18%); C_β deviation 6; bad bonds 1/3987 dan bad angles 52/5418. Konformasi antara template (kode PDB: 4qol) dengan model yang didapat identik yang membuktikan bahwa model yang terbangun memiliki kualitas yang tinggi.