Cendawan endofit memiliki kemampuan dalam mengendalikan pertumbuhan patogen tanaman. Salah satu sumber yang menghasilkan cendawan endofit adalah tanaman obat dengan cara mengisolasi cendawan endofit dari bagian-bagian tanaman obat. Tanaman obat sebagai tanaman inang cendawan endofit yang menghasilkan senyawa metabolit sekunder dan kemampuannya sendiri sebagai agensia hayati. Tanaman majapahit merupakan tanaman obat yang memiliki kandungan senyawa aktif yang berfungsi sebagai antifungal dan antibakteri. Penelitian ini bertujuan untuk menemukan aktivitas antagonistik cendawan endofit dari daun majapahit terhadap F. oxysporum patogen penyebab penyakit layu fusarium pada tanaman bawang merah. Dua belas cendawan endofit diperoleh dari pengisolasian dari daun tanaman majapahit, yaitu EnM_6­C₂₂, EnM₁₁P₂, EnM₆A₂, EnM₅H₂₁, EnM₁₀H₂₂, EnM₁₂P, EnM₁₁P, EnM₁₁₁, EnM₅H₂₂, EnM₉Pt₂₂, EnM₅H₁ dan EnM₅K. Lima dari dua belas cendawan endofit daun majapahit telah berhasil diidentifikasi, yaitu Fusarium sp., Rhizoctonia sp., Pestalotia sp., Colletotrichum sp., dan Bipolaris sp. dengan persentase penghambatan 36,43%, 32,19%, 25,41%, 32,19% dan 27,53% secara berurutan pada 7 HSI.