Mangifera adalah salah satu genus terbesar dalam familia Anacardiaceae yang memiliki keragaman spesies relatif tinggi. Mangga merupakan tanaman buah yang mempunyai nilai ekonomi dan potensi cukup tinggi untuk dikembangkan karena mempunyai tingkat keragaman genetik yang tinggi. Peningkatan kualitas dan kuantitas tanaman mangga dapat diperoleh melalui program pemuliaan. Sementara itu, salah satu kunci keberhasilan program pemuliaan sangat ditentukan oleh keragaman genetik plasma nutfah, baik di dalam dan antar spesies. Penelitian ini bertujuan untuk mentukan keragaman dan kekerabatan genetik plasma nutfah mangga dan kerabatnya (Mangifera spp.) di Kalimantan Selatan menggunakan penanda molekuler ITS. Lima belas sampel Mangifera berasal dari Banjarbaru, Kab. Banjar, Kab. Hulu Sungai Selatan, Kab. Hulu Sungai Tengah, Kab. Balangan, Kab. Tabalong, dan dua sampel dari Kalimantan Tengah berhasil dikoleksi dan dikarakterisasi secara molekuler. Hasil yang didapatkan, Mangifera yang berasal dari Kalimantan Selatan memiliki keragaman genetik relatif tinggi sebesar 0,055 dan mengelompok kedalam empat klad utama, yaitu klad I, klad II, klad III, dan klad IV. Klad I terdiri dari 11 spesies, klad II terdiri dari 1 spesies, klad III terdiri dari 1 spesies, dan klad IV terdiri dari 2 spesies. M. torquenda dan M. quadrifida memiliki nilai koefisien divergensi yang paling rendah sebesar 0,005. M. similis dan M. torquenda memiliki nilai koefisien divergensi yang paling tinggi yaitu 0,134.