Dimasa sekarang dunia pendidikan terkena dampak yang besar akibat pandemi Covid-19 yang mengakibatkan pembelajaran sebelumnya dilakukan secara tatap muka (offline) beralih menjadi pembelajaran jarak jauh (online). Hal ini membuat bidang pendidikan harus memanfaatkan perangkat lunak sebagai media pembelajaran ataupun media informasi. SD Alam Muhammadiyah Kota Banjarbaru baru-baru ini membutuhkan sebuah sistem yang dapat mengelola administrasi disekolah. Namun pihak pengembang dan sekolah kesulitan dalam menganggarkan biaya untuk pengembangannya yang dapat menyebabkan kegagalan dalam pengembangan sistem. Maka diperlukan metode estimasi biaya untuk menghitung perkiraan biaya pengembangan perangkat lunak dengan baik dan terukur jelas.  Pada penelitian ini, metode COCOMO II dan Function Point Analysis digunakan sebagai metode perhitungan serta menganalisa hasil perbandingan estimasi biaya pada pengembangan Sistem Informasi Pengelolaan Pembayaran SD Alam Muhammadiyah. Dari hasil penelitian yang telah dilakukan didapatkan hasil estimasi biaya dengan COCOMO II dan Function Point Analysis adalah Rp. 274.223.263 dan Rp. 109.219.717. Faktor penyebab perbedaan antara kedua metode tersebut dikarenakan pada metode COCOMO II menetapkan perkiraan dari jumlah orang perbulan (Person-Month) yang dipengaruhi oleh setiap orang yang terlibat dalam pengembangan aplikasi melalui pengisian scale factor dan effort multipliers. Sedangkan metode FPA menggunakan pendekatan fungsionalitas yang dihasilkan dari GSC sistem yang sedang dikembangkan sehingga menghasilkan estimasi effort untuk di distribusikan ke aktivitas pengembangan.