Perairan estuari Sungai Kusan di Kabupaten Tanah Bumbu dipengaruhi oleh aliran Sungai Kusan, massa air Selat Laut dan Laut Jawa yang menyuplai nutrien. Pasang surut berperan dalam perubahan konsentrasi nutrien. Keberadaan nitrat dan fosfat menjadi indikator nilai kesuburan suatu perairan. Berdasarkan hal tersebut, penelitian ini dilakukan untuk mengetahui dinamika nutrien secara spasial dan memahami perilaku konsentrasi nitrat dan fosfat  secara temporal pada saat pasang dan surut. Hasil analisis menunjukan bahwa nilai nitrat di perairan Sungai Kusan pada saat pasang menuju surut berkisar antara 0,30 - 1,60 mg/l, sedangkan saat surut menuju pasang berkisar antara 0,10 – 1,50 mg/l. Nilai fosfat pada saat pasang menuju surut berkisar antara 0,25 - 1,32 mg/l dan pada saat surut menuju pasang nilai berkisar antara 0,15 – 1,19 mg/l. Dinamika sebaran nitrat dengan konsentrasi yang tinggi di cenderung berada pada area tengah perairan antara air sungai dan air laut, baik pada saat pasang menuju surut maupun saat surut menuju pasang. Dinamika sebaran fosfat dengan konsentrasi tinggi pada saat pasang menuju surut terjadi pada area tengah wilayah penelitian, sedangkan pada saat surut menuju pasang konsentrasi tertinggi terjadi pada area tengah sebelah Selatan wilayah penelitian.

              Kata Kunci: Sungai Kusan, Dinamika, Nutrien, Nitrat dan Fosfat.