Literasi ilmiah adalah kemampuan menggunakan pengetahuan ilmiah, mengidentifikasi pertanyaan dan menarik kesimpulan berdasarkan fakta memahami serta membuat solusi dari masalah. Rendahnya kemampuan literasi ilmiah menjadi masalah terutama bagi peserta didik di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan literasi ilmiah antara peserta didik setelah menggunakan model pembelajaran Scientific Critical Thinking dengan pendekatan Flipped Classroom (SCT-FC) dan model Scientific Critical Thinking (SCT). Metode penelitian ini adalah quasi experiment dengan desain penelitian nonequivalent control group design. Sampel penelitian ini kelas eksperimen adalah kelas XI PMIA 1 dan kelas kontrol adalah kelas XI PMIA 2 di SMAN 3 Banjarmasin. Variabel bebas adalah model pembelajaran, sedangkan variabel terikat adalah literasi ilmiah. Pengumpulan data penelitian ini menggunakan tes literasi ilmiah menggunakan Aiken’s V didapatkan skor sebesar 0,90  masuk kategori valid. Angket respon peserta didik yang menggunakan Aiken’s V mendapat skor 0,99 masuk kategori valid. Teknik analisis data ini menggunakan analisis deskriptif dan inferensial berupa uji Mann-Whitney. Terdapat perbedaan literasi ilmiah kelas eksperimen yang menggunakan model pembelajaran SCT-FC dengan kelas kontrol yang menggunakan model pembelajaran SCT. Kelas eksperimen memiliki nilai rata-rata literasi ilmiah 82,21 lebih baik dibandingkan kelas kontrol yang nilai rata-rata nya 71,89. Peserta didik memberikan respon yang sangat bagus terhadap penggunaan model pembelajaran SCT-FC  pada materi hidrolisis garam yang mendapatkan skor respon 42,44.