Padi beras merah merupakan jenis padi yang memiliki banyak manfaat bagi kesehatan tubuh. Penyakit utama yang banyak menyerang tanaman padi dan menyebabkan penurunan produksi diantaranya adalah hawar daun bakteri (HDB) yang disebabkan oleh bakteri Xanthomonas oryzae. Penyakit hawar daun bakteri dapat menyerang tanaman padi pada semua fase pertumbuhan, mulai dari persemaian hingga menjelang panen. Tanaman yang terserang pada fase vegetatif akan menjadi layu dan mati sedangkan tanaman yang terserang pada fase generatif akan menyebabkan pengisian gabah menjadi kurang sempurna. Salah satu alternatif pengendalian HDB adalah dengan menggunakan agens antagonis yaitu bakteri endofit. Bakteri endofit merupakan bakteri yang hidup dan berasosiasi pada jaringan tanaman tanpa menimbulkan gejala penyakit pada tanaman tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektivitas bakteri endofit asal lahan basah untuk menekan penyakit hawar daun bakteri pada padi beras merah. Terdapat 2 isolat bakteri endofit yang di uji dalam penelitian ini yaitu isolat asal akar (AKL) dan isolat asal batang (BLR) yang diisolasi dari tanaman karamunting. Penelitian ini menggunakan rancangan acak lengkap (RAL) yang terdiri dari 5 perlakuan dan 4 ulangan yaitu t0 = hanya patogen Xanthomonas Oryzae (kontrol), t1 = perendaman benih dengan bakteri endofit asal akar, t2 = perendaman benih dengan bakteri endofit asal batang, t3 = perendaman benih + aplikasi saat pindah tanam dengan bakteri endofit asal akar dan t4 = perendaman benih + aplikasi saat pindah tanam dengan bakteri endofit asal batang.

Perlakuan bakteri endofit pada benih padi dan aplikasi saat pindah tanam mampu menekan intensitas penyakit hawar daun bakteri. Perlakuan benih yang diberi isolat bakteri endofit asal akar menghasilkan intensitas penyakit 91,1% dengan efektivitas 7,4%, perendaman benih dengan isolat asal batang 90% dengan efektivitas 8,5%, perendaman benih ditambah aplikasi saat pindah tanam isolat asal akar 86,7% dengan efektivitas 11,8%, dan perendaman benih ditambah aplikasi saat pindah tanam isolat asal batang hanya 83% dengan efektivitas 15,6%, sedangkan pada tanaman kontrol intensitas mencapai 98,4%. Aplikasi dengan perendaman benih ditambah saat pindah tanam lebih baik dibandingkan dengan hanya aplikasi pada benih. Perlakuan bakteri endofit pada benih padi tidak menghambat perkecambahan benih dan mampu meningkatkan jumlah anakan, tetapi belum mampu mempengaruhi penambahan  tinggi tanaman.