Indonesia memiliki beragam kultivar cabai rawit (C. frustescens) dengan tingkat kepedasan yang  berbeda.  Hiyung  adalah  salah  satu  cabai  rawit  lokal  unggul Kalimantan  Selatan  yang  memiliki  tingkat  kepedasan  tinggi, namun belum dikarakterisasi secara mendalam. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi gen penyandi rasa pedas, yaitu Acyltransferase-3 atau AT3, pada cabai rawit Hiyung lokal Kalimantan Selatan. Sampel DNA diisolasi dari daun Hiyung menggunakan protokol isolasi DNA komersial (GP100, Geneaid, USA), kemudian diamplifikasi menggunakan metode PCR dan primer spesifik AT3, yaitu: 5’-ATG GCT TTT GCA TTA CCA TCA-3’ (forward) dan 5’–CCT TCA CAA TTA TTC GCC CA-3’ (reverse). Produk PCR kemudian dikirim ke 1st  Base, Malaysia, untuk disekuensing menggunakan  metode Sanger.  Hasil sekuensing  menunjukkan bahwa  gen AT3 Hiyung memiliki panjang sekuen sebesar 432 bp, dengan kandungan GC 50,69%, 41 region polimorfik, 11 situs parsimony informatif, 30 situs tunggal, dan 1 indel (insersi-delesi). Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa cabai  Hiyung  berada pada klade  III  bersama dengan cabai  Tiung, C. chinense  cultivar NMCA30036, C. rhomboideum,  C. frutescens cultivar PI594141, dan C. annuum cultivar RNAky. Hasil penelitian ini diharapkan menjadi acuan penting dalam upaya pemuliaan cabai Hiyung pada masa mendatang.