Estuari Kuala Tambangan merupakan salah satu kawasan estuari dengan aktivitas yang cukup tinggi. Kondisi ini dapat mempengaruhi kualitas perairan sehingga perlu adanya biomonitoring menggunakan bioindikator. Boleophthalmus pectinirostris merupakan ikan yang cukup banyak ditemukan di perairan estuari kuala tambangan dan berpotensi sebagai bioindikator. Upaya biomonitoringdilakukan dengan melihat gambaran histologis kulit, hati, ginjal. Pemantauan kualitas perairan harus didukung dengan parameter kualitas perairan yakni parameter fisika dan kimia perairan. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis kualitas perairan kawasan estuari Desa Kuala Tambangan berdasarkan parameter fisika dan kimia perairan menggunakan metode indeks pencemaran, mengkaji gambaran histologis dan tingkat kerusakan kulit, hati, serta ginjal ikan gelodok di kawasan estuari Desa Kuala Tambangan. Metode yang digunakan purpossive sampling.  Penentuan kualitas air menggunakan metode indeks pencemaran yang mengacu pada PP nomor 22 tahun 2021 Lampiran VIII tentang baku mutu air laut.Perhitungan kerusakan dilakukan dengan metode skoring kemudian dianalisis secara deskriptif komperatif.  Penelitian ini menunjukan bahwa nilai IP kualitas perairan kawasan estuari Desa Kuala Tambangan pada bulan Juli dan Februari menunjukan kategori tercemar ringan (1,0 < Pij ≤ 5) dengan nilai berturut-turut yakni 2,20 dan 2,24. Gambaran histologis kulit menunjukan adanya nekrosis dan hemoragi dengan rata-rata skoring tergolong normal atau tingkat kerusakan < 25 %. Histologis hati menunjukan adanya nekrosis, degenerasi melemak, dan kongesti dengan rata-rata skoring normal hingga ringan atau tingkat kerusakan 25% - 50%. Histologi ginjal menunjukan adanya dilatasi lumen tubulus, inflamasi, dan nekrosis dengan rata-rata skoring normal hingga ringan atau tingkat kerusakan 25% - 50%.