Anggrek bulan (Phalaenopsis amabilis (L.) Blume) merupakan salah satu anggrek yang paling terkenal dan dicari para kolektor anggrek di seluruh dunia. Namun, akibat beragam aktivitas manusia seperti pertambangan dan pembalakan liar, pembakaran hutan, dan lain-lain, sebagian besar kekayaan anggrek tersebut di alam mulai terancam. Demi menjaga kelestarian anggrek bulan di alam, program konservasi dan pemuliaan penting dilakukan. Salah satunya dengan karakterisasi plasma nutfah menggunakan penanda molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan keragaman dan hubungan kekerabatan genetik anggrek bulan menggunakan penanda molekuler maturase K (matK). Penanda matK dipilih karena memiliki laju substitusi yang tinggi. Sebanyak 7 sampel dikoleksi kemudian dilakukan isolasi DNA untuk selanjutnya di amplifikasi menggunakan sepasang primer matK. Fragmen DNA hasil amplifikasi kemudian disekuensing, dilanjutkan analisis sekuen menggunakan beberapa software, yaitu BLAST, Clustal Omega dan MEGA-XI, serta direkonstruksi secara filogenetik menggunakan metode Maximum Likelihood. Hasil penelitian menunjukkan bahwa anggrek bulan menunjukkan keragaman genetik yang relatif rendah pada tingkat nukleotida sebesar 0,04. Sementara itu, hasil analisis kekerabatan genetik menggunakan metode Maximum Likelihood, diperoleh gambaran bahwa anggrek bulan secara umum terpisah menjadi dua grup atau klad utama dengan klad 1 terbagi lagi menjadi 4 subklad. Analisis diversitas genetik mendapatkan hasil kekerabatan tertinggi sebesar 0.322 antara varian ‘Halong’ dengan anggrek bulan yang berasal dari ‘Tanah Laut’. Semakin jauh kekerabatan maka keragaman genetik semakin meningkat. Informasi ini diharapkan dapat dimanfaatkan untuk mendukung program pemuliaan dan pelestarian anggrek bulan (Phalaenopsis amabilis), terutama di Kalimantan Selatan.Anggrek bulan (Phalaenopsis amabilis (L.) Blume) merupakan salah satu anggrek yang paling terkenal dan dicari para kolektor anggrek di seluruh dunia. Namun, akibat beragam aktivitas manusia seperti pertambangan dan pembalakan liar, pembakaran hutan, dan lain-lain, sebagian besar kekayaan anggrek tersebut di alam mulai terancam. Demi menjaga kelestarian anggrek bulan di alam, program konservasi dan pemuliaan penting dilakukan. Salah satunya dengan karakterisasi plasma nutfah menggunakan penanda molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan keragaman dan hubungan kekerabatan genetik anggrek bulan menggunakan penanda molekuler maturase K (matK). Penanda matK dipilih karena memiliki laju substitusi yang tinggi. Sebanyak 7 sampel dikoleksi kemudian dilakukan isolasi DNA untuk selanjutnya di amplifikasi menggunakan sepasang primer matK. Fragmen DNA hasil amplifikasi kemudian disekuensing, dilanjutkan analisis sekuen menggunakan beberapa software, yaitu BLAST, Clustal Omega dan MEGA-XI, serta direkonstruksi secara filogenetik menggunakan metode Maximum Likelihood. Hasil penelitian menunjukkan bahwa anggrek bulan menunjukkan keragaman genetik yang relatif rendah pada tingkat nukleotida sebesar 0,04. Sementara itu, hasil analisis kekerabatan genetik menggunakan metode Maximum Likelihood, diperoleh gambaran bahwa anggrek bulan secara umum terpisah menjadi dua grup atau klad utama dengan klad 1 terbagi lagi menjadi 4 subklad. Analisis diversitas genetik mendapatkan hasil kekerabatan tertinggi sebesar 0.322 antara varian ‘Halong’ dengan anggrek bulan yang berasal dari ‘Tanah Laut’. Semakin jauh kekerabatan maka keragaman genetik semakin meningkat. Informasi ini diharapkan dapat dimanfaatkan untuk mendukung program pemuliaan dan pelestarian anggrek bulan (Phalaenopsis amabilis), terutama di Kalimantan Selatan.