Kromium heksavalen [Cr(VI)] adalah logam berat beracun yang menjadi polutan lingkungan. Lahan serpentin bekas tambang di Provinsi Kalimantan Selatan mengandung kromium (Cr) dengan konsentrasi 700 hingga 2645 mg/kg^-1, dari ±7 mg/kg^-1 pada lahan tambang batu bara, hingga ±24 mg/kg^-1 pada lahan tambang kromat berada dalam bentuk Cr(VI) dengan rata-rata konsentrasi 0.73% – 1.35%. Hal ini melebihi baku mutu lingkungan kandungan Cr(VI) yaitu 0.1 mg/kg^-1. Peningkatkan efektivitas bioremediasi Cr(VI) dianalisis melalui interkasi ligan flavin mononukleotida (FMN) yang berikatan dengan enzim kromat reduktase bakteri M2Cr10 (Acinetobacter radioresistens) atau M54Cr10 (Bacillus tropicus). Gen dari enzim kromat reduktase diisolasi pada metode PCR menggunakan primer spesifik Chr-76-848berdasarkan pustaka chrR dari Bacillus thuringensis. Motif enzim termasuk kedalam famili oxygen-insensitive NADPH nitroreductase dengan kualitas struktur plot Ramachandran 93% region favoured. Docking FMN dengan enzim M2Cr10 atau M54Cr10 ditunjukkan energi ikatan terkecil berturut-turut -7.4 dan -7.0 Kcal/mol, ditemukan bahwa Tyr131 mempunyai pengaruh terbesar terhadap energi ikatan enzim kromat reduktase dalam mereduksi Cr(VI). Simulasi dinamika molekuler dengan running 10 nanosecond (ns) dibuktikan bahwa M2Cr10 memiliki struktur lebih stabil, dibandingkan dengan M54Cr10 yang lebih fleksibel. Penelitian ini dapat menjadi dasar perancangan enzim sebagai upaya pemecahan masalah lingkungan yang terkontaminasi Cr(VI).