Tujuan penelitian ini mengisolasi bakteri dari media bioflok, usus ikan papuyu sebelum dan sesudah makan, mengkarakterisasi serta identifikasi bakteri yang terdapat pada usus ikan papuyu dan media air pada akuakultur sistem bioflok. Penelitian dilaksanakan selama 5 bulan. Tahapan penelitian terdiri dari uji mikroskopik, makroskopik, uji KOH dan uji Biokimia. Hasil penelitian dari 3 lokasi berbeda pada lokasi A1 Guntung Payung, lokasi A2 Loktabat dan lokasi A3 martapura. Bakteri yang ditemukan terdapat 47 isolat yang terdiri dari pada lokasi A1 15 isolat, lokasi A2 15 isolat dan lokasi A3 17 isolat. Hasil pengamatan makroskopik diperoleh 5 isolat morfologi yang berbeda berdasarkan bentuk, warna, tepian dan elevasi permukaan koloni. Pengamatan mikroskopik dengan uji KOH diperoleh 3 Gram positif dan 2 Gram negatif. Identifikasi bakteri yang ditemukan terdiri dari dari bakteri genus Bacillu sp., Plesiomonas sp., Staphylococus sp., Flavobacterium sp., dan Micrococcus sp.