Clostridiumperfringensmerupakan salah satu penyebab penyakit bawaan makanan yang paling umum. Virulensi bakteri ini sebagian besar disebabkan oleh ~ 20 racun kuat. C. perfringens menyebabkan berbagai macam penyakit. Sehingga perlu dilakukan penghambatan protein bakteri tersebut. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui apa saja senyawa metabolit sekunder yang terdapat pada daun jambu biji (Psidium guajava L) yang berpotensi sebagai antibakteri dan mencari senyawa paling kuat intraksi ikatannya terhadap C. perfringens. Metode penelitian ini dilakukan secara komputasi berupa virtual skrining dan molecular docking. Software yang digunakan adalah AutoDock tools, Autodock Vina, BIOVIA Discovery Studio, dan PyMol dengan website PubChem Open Chemistry Database, STITCH database. Penelitian diawali dengan skirning senyawa metabolit dan menentukan protein targetnya melalui STITCH database. Proses docking dilakukan senyawa aktif hasil skrining dan penisilin G sebagai kontrol. Hasil penelitian menunjukkan skrining virtual senyawa metabolit sekunder berupa senyawa quercetin memiliki interaksi ikatan paling tinggi terhadap protein Clsotridium perfringens yaitu CPF_1991, dari hasil dockingnya didapatkan binding affinity quercetin sebesar -7.8 Kcal/mol dengan RMSD 0.000Å dan memiliki ikatan hidrogen yang berfungsi menstabilkan ikatan. Berdasarkan penelitian yang dilakukan dapat disimpulkan bahwa senyawa metabolit sekunder pada daun jambu biji yang paling berpotensi yaitu quercetin sehingga dapat menjadi senyawa kandidat untuk menghambat Clostridium perfringens.