Ekosistem terumbu karang merupakan salah satu ekosistem dengan produktivitas primer yang tinggi. Ekosistem ini berfungsi sebagai habitat dan sumber makanan bagi berbagai jenis biota di laut, menyediakan sumber pendapatan, makanan dan perlindungan pesisir bagi manusia. Pulau Marabatuan adalah pulau yang berada di wilayah administrasi kecamatan Pulau Sembilan, Kabupaten Kotabaru, Provinsi Kalimantan Selatan. Pulau Marabatuan berada dan diapit langsung dengan selat makassar pada sebelah timur dan laut jawa pada sebelah Selatan saat ini mulai di jadikan sebagai tempat wisata oleh beberapa Masyarakat lokal yang datang berkunjung. Kegiatan wisata yang dapat dilakukan di Pulau Marabatuan adalah wisata melihat penyu, snorkeling, diving, memancing dan berkeliling pulau dengan menggunakan kapal. seringkali di jumpai beberapa kapal asing yang tidak berasal dari pulau beroperasi di sekitar Pulau Marabatuan, melakukan penangkapan ikan dengan menggunakan racun serta kegiatan nelayan yang mengambil karang untuk digunakan sebagai bahan tambahan membuat terumbu karang menjadi rusak. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui persentase tutupan terumbu karang, kondisi terumbu karang, dan faktor penyebab kerusakan terumbu karang yang ada di perairan Pulau Marabatuan Kecamatan Pulau Sembilan, Kabupaten Kotabaru. Informasi ini dapat digunakan sebagai sumber refrensi bagi Masyarakat dan pemangku kepentingan sebagai acuan dalam mengelola ekosistem terumbu karang. Hasil penelitian menunjukan rata-rata tutupan terumbu karang pada kedalaman 4 meter termasuk kedalam kategori “Sedang” dengan persentase tutupan karang hidupnya sebesar 28,13%, sedangkan pada kedalaman 8 meter termasuk kedalam kategori “Buruk” dengan persentase tutupan karang hidupnya yaitu sebesar 19,27%. Kerusakan utama pada terumbu karang disebabkan oleh kegiatan nelayan yang mengambil terumbu karang, pembiusan dan pengeboman, sedimentasi, dan eutrofikasi pada terumbu karang.