Zona intertidal adalah wilayah ekosistem pantai yang secara langsung dipengaruhi oleh pasang surut air laut. Kawasan intertidal merupakan wilayah di pantai yang memperlihatkan keberagaman organisme yang mencakup komunitas berbagai organisme. Zona intertidal memiliki luas yang terbatas, namun lingkungannya sangat beragam, mencakup berbagai macam faktor lingkungan yang berbeda-beda. Itulah sebabnya, keanekaragaman organisme di zona ini sangatlah tinggi.Makrozoobenthos adalah organisme yang tinggal di habitat tetap, berukuran besar yang memudahkan pengidentifikasian, pergerakannya terbatas di dalam dan di dasar perairan. Berdasarkan cirinya tersebut berguna sebagai mengevaluasi kondisi substrat perairan. Kelimpahan dan keanekaragaman makrozoobenthos dipengaruhi secara signifikan oleh perubahan kualitas air dan jenis tempat mereka hidup. Komponen struktur komunitas makrozoobenthos mencakup jenis dan kelimpahan, indeks keanekaragaman jenis, indeks keseragaman jenis, indeks dominansi. Mengingat pentingnya peran makrozoobenthos sebagai indikator sehat atau tidaknya suatu perairan maka, perlu di lakukan penelitian mengenai Analisis Hubungan Struktur Komunitas Makrozoo Benthos Dengan Parameter Fisik - Kimia Dan Substrat Perairan Di Zona Intertidal Pulau Marabatuan Kabupaten Kotabaru. Penelitian ini menggunakan metode purposive sampling dengan tujuan untuk mengetahui struktur komonitas makrzoobenthos, kualitas air fisika dan kimia perairan. Serta hubungan antara kelimpaham dan keanekaragaman dengan makrozoobenthos di zona intertidal dengan Parameter kualitas air fisik - kimia. Hasil dari penelitian diperoleh Struktur komunitas Makrozobenthos berdasarkan hasil identifikasi terdiri atas 29 spesies, 26 genus, 22 famili, 5 kelas, dan 3 filum dengan Nilai kelimpahan individu tertinggi ada pada stasiun 3 disusul dengan stasiun 2 dan stasiun 1. Kelimpahan relatif (KR) tertinggi pada stasiun 3 yaitu pada spesies Ophiocoma erinaceus, dari kelas Asteroidea nilai tertinggi kedua ada pada stasiun 2 dengan spesies Holothuria atra dan pada stasiun 1 dari spesies yang sama yakni Holothuria atra dari kelas Asteroidea. Kelimpahan relatif terendah ada pada stasiun 1 dari spesies Linckia laevigata. Indeks Keanekaragaman (H') Makrozoobenthos pada seluruh stasiun masuk dalam kriteria sedang. Kemudian Indeks Keseragaman (E) pada seluruh stasiun masuk kriteria stabil dan Indeks Dominansi (C) pada seluruh stasiun masuk dalam kriteria rendah. Kondisi perairan berupa parameter suhu, pH, Dissolved Oxygen (DO), salinitas dan substrat yang masih optimal untuk kehidupan makrozoobenthos. Berdasarkan hasil korelasi PCA hubungan kelimpahan makrozoobenthos dengan variabel substrat lempung, suhu, pH, substrat liat dan DO menunjukan korelasi yang positif. Sedangkan hubungan Keanekaragaman makrozoobenthos (H') berkorelasi positif dengan variabel salinitas, substrat lempung, dan suhu.