Cabai besar merupakan komoditas tanaman hortikultura yang banyak digunakan sebagai bahan masakan. Oleh karena itu, cabai besar sangat dibutuhkan dalam jumlah yang banyak. Namun, hal tersebut dibatasi dengan banyaknya serangan dari penyakit antraknosa yang disebabkan oleh cendawan Colletotrichum spp membuat hasil produktivitas menurun drastis. Salah satu pengendalian hayati yang aman adalah dengan menggunakan metabolit sekunder dari bakteri Pseudomonas kelompok fluorescens dan bakteri Bacillus spp. Metabolit sekunder yang dihasilkan oleh bakteri antagonis tersebut berupa senyawa antibiotika, siderofor, pirol dan fenazin. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui kemampuan metabolit sekunder dari beberapa rizobakteria isolat Pseudomonas kelompok fluorescens dan Bacillus spp. dalam menghambat cendawan Colletotrichum spp. Metode penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) satu faktor yang terdiri dari (4) perlakuan dengan (5) kali ulangan, total seluruh ada (20) unit satuan percobaan. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Fitopatologi Fakultas Pertanian Universitas Lambung Mangkurat Banjarbaru. Hasil dari penelitian ini adalah metabolit sekunder Pseudomonas kelompok fluorescens dari isolat perakaran rumput gajah memiliki daya hambat paling tinggi sebesar 75,30% dibandingkan perakaran bambu sebesar 12,18% dan perakaran cabai sebesar 11,63%. Sedangkan hasil dari metabolit sekunder Bacillus spp. memiliki kemampuan yang sama dengan persentase isolat perakaran cabai sebesar 39,62%, perakaran bambu sebesar 37,86% dan perakaran rumput gajah sebesar 34,71%.