Pembelajaran berbasis masalah adalah sebuah model pembelajaran yang menyajikan masalah kontekstual sehingga merangsang siswa untuk belajar. Thinking Mapsadalah sebuah inovasi di abad ke-21 sebagai media visual dan bahasa pembelajaran. Penggunaan Thinking Mapsdiharapkan meningkatkan penalaran siswa atau kemampuan siswa untuk menyimpan, mempertahankan, dan menghubungkan konsep-konsep pada materi yang dipelajari. Penelitian ini bertujuan untuk (1) menguji pengaruh model PBL dan Thinking Maps terhadap hasil belajar kognitif siswa, (2) mendeskripsikan aktivitas siswa dan (3) mendeskripsikan respon siswa pada pembelajaran konsep Sistem Gerak melalui penerapan model pembelajaran Problem Based Learning dan ThinkingMaps. Subjek penelitian ditentukan dengan teknik purposive sampling terdiri dari 2 kelas, XI MIA 1 dan XI MIA 3 SMAN 6 Banjarmasin. Teknik analisis data menggunakan analisis kovarian. Hasil analisis kovarian menunjukkan ada perbedaan hasil belajar kognitif produk siswa setelah dikoreksi dengan pretest pada pembelajaran dengan model pembelajaran PBL dan Thinking Maps dengan nilai Pr > F = 0.0035. Nilai F = 6.19, nilai C.V = 3.528200, dan nilai R-Square sebesar 0.164334. Hal ini menunjukkan bahwa penerapan model pembelajaran PBL dan Thinking Maps berpengaruh signifikan terhadap hasil belajar kognitif produk siswa dengan pengaruh sebesar 16%. Aktivitas siswa melalui penerapan model pembelajaran PBL dan Thinking Maps pada konsep Sistem Gerak berada dalam kategori amat baik. Pembelajaran konsep Sistem Gerak melalui penerapan model pembelajaran PBL dan Thinking Maps mendapatkan respon positif dari siswa.