Plankton merupakan salah satu sumberdaya hayati yang keberadaannya sangat penting dan menjadi salah satu indikator penentu kualitas perairan. Untuk dapat menjalankan fungsinya dengan baik maka suatu perairan harus melihat tingkat kesuburan perairanya. Salah satu cara untuk mengetahui tingkat kesuburan perairan adalah dengan menghitung struktur komunitas khususnya fitoplankton. Fitoplankton memainkan peran yang sangat penting dalam ekosistem perairan sebagai produsen utama. Penelitian ini bertujuan untuk  mengetahui struktur komunitas fitoplankton pada perairan Muara Asam-Asam, mengetahui kualitas perairan pada perairan Muara Asam-Asam dan mengetahui hubungan kelimpahan fitoplankton dengan kualitas perairan pada perairan Muara Asam-Asam. Dengan menghitung nilai indeks kelimpahan, indeks keanekaragaman, indeks keseragaman, indeks dominasis serta hubungan dengan kualitas perairan. Hasil dari penelitian ini yaitu fitoplankton yang ditemukan pada 3 stasiun berjumlah 22 jenis dengan tingkat kelimpahan berkisar antara 33,33 –566,67 termasuk dalam kategori perairan oligotrofik. Kategori keanekaragaman bekisar antara 0,69 – 1,69 dengan kategori Rendah hingga Sedang. Keseragaman berkisar diantara 0,68 – 1 dengan kategori tinggi dan dominasi berkisar antara 0,31 – 0,5 dengan kategori rendah. Hubungan antara kelimpahan plankton dengan kualitas perairan berdasarkan analisis korelasi berada pada kisaran sangat lemah dengan nilai korelasi Ph yaitu 0,156 Salinitas -0,315, DO 0,581, Suhu  0,690, kedalaman -0,341 dan kecerahan 0,377.