Perairan muara Sungai Musang termasuk ke dalam kategori estuari yang terletak di kecamatan Aluh-Aluh Kabupaten Banjar Provinsi Kalimantan Selatan. Perairan ini termasuk ke dalam daerah aliran sungai yang bermuara dan terhubung langsung dengan Sungai Barito. Pada wilayah pesisirnya hingga sepanjang aliran sungai terdapat ekosistem mangrove, pemukiman, dan area persawahan. Adanya aktivitas masyarakat di sekitar aliran sungai diduga membuat kualitas perairan mengalami banyak perubahan diantaranya yaitu nitrat dan fosfat. Kondisi tesebut akan mempengaruhi ekosistem perairan serta keberadaan organisme yang hidup di dalamnya termasuk fitoplankton. Untuk pertumbuhannya fitoplankton membutuhkan unsur hara nitrat dan fosfat. Keberadaan fitoplakton juga di pengaruhi oleh parameter fisik dan kimia perairan. Tujuan dari penelitin ini yaitu untuk mengetahui kandungan unsur hara nitrat dan fosfat, mengetahui jenis dan kelimpahan fitoplankton, mengetahui kondisi fisik dan kimia perairan, dan terakhir menganalisis hubungan antara kandungan unsur hara nitrat dan fosfat terhadap kelimpahan fitoplankton di perairan muara Sungai Musang. Kandungan nitrat dan fosfat dianalisis melalui laboratorium dengan menggunakan alat spektrofotometer dan colorimeter. Pengamatan plankton dilakukan  dengan  menggunakan metode lapang pandang dengan 3 kali pengulangan. Parameter fisik dan kimia perairan diukur secara insitu diantaranya yaitu suhu, arus, kecerahan, salinitas, pH, dan DO. Untuk mengetahui tingkat dan bentuk hubungan antara unsur hara nitrat dan fosfat terhadap kelimpahan fitoplankton menggunakan metode analisis korelasi pearson dan analisis regresi linier.  

Hasil penelitian didapatkan kandungan nitrat berkisar antara 1 – 5 mg/l, termasuk dalam kategori perairan oligotrofik hingga mesotrofik. Sedangkan kandungan fosfat berkisar antara 1,4 – 11,8 mg/l, termasuk dalam kategori perairan hypertrofik. Fitoplankton yang ditemukan sebanyak 10 kelas yang terdiri dari 43 famili, 57 genus, dan 63 spesies. Kelimpahan fitoplankton berkisar antara 1.360 – 6.800 sel/l, termasuk dalam kategori perairan oligotrofik hingga mesotrofik. Kondisi fisik dan kimia perairan muara Sungai Musang memiliki suhu berkisar 38,7 – 30,6 °C, arus 0 – 0,40 m/s, kecerahan 0,1 – 0,8 m, salinitas 0 – 0,01 ‰ , pH 5,8 – 6,7 , dan DO 5,3 -6,9 mg/l. Dari kondisi tersebut  perairan muara sungai musang cukup sesuai untuk pertumbuhan fitoplankton secara optimal. Hubungan kandungan nitrat dengan kelimpahan fitoplankton menunjukkan tingkat hubungan sedang dan berbanding lurus dengan pengaruh nitrat sebesar 13,29%. Sedangkan hubungan kandungan fosfat dengan kelimpahan fitoplankton menunjukkan tingkat hubungan yang sangat lemah dan berbanding terbalik dengan pengaruh fosfat hanya sebesar 0,62%.