Lemak terdapat di otot, ovarium dan testis. Otot merupakan salah satu tempat penyimpanan lemak. Lemak ovarium ikan mengandung senyawa bioaktif yang penting untuk perkembangan embrio ikan. Testis mengandung sel sperma mengandung asam lemak PUFA (Polyunsaturated Fatty Acid) yang menyusun membran spermatozoa. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kandungan lemak pada otot dan gonad ikan timpakul (Periophthalmodon schlosseri) di Peraiaran Desa Kuala Lupak Kalimantan Selatan. Rancangan percobaan yang digunakan yaitu line transect. Sebanyak 30 sampel otot, 14 ovarium dan 16 testis diekstraksi menggunakan metode soxhlet berdasarkan berat badan dan tempat pengambilan sampel yaitu di sungai dan di mangrove. Hasil yang didapat yaitu lemak pada organ otot di sungai yang tertinggi pada kelompok berat badan besar yaitu 2,121±1,421%, sedangkan kandungan lemak pada organ otot di mangrove yang tertinggi pada kelompok berat badan sedang yaitu 2,997±1,520%. Kandungan lemak pada organ ovarium di sungai yang tertinggi pada kelompok berat badan besar yaitu 7,28±1,634%, sedangkan kandungan lemak pada organ ovarium di mangrove yang tertinggi pada kelompok berat badan besar yaitu 4,744±1,639%. Kandungan lemak pada organ testis yaitu 8,39%. Berdasarkan hasil dapat disimpulkan Kandungan lemak pada organ otot berkisar antara 0,997±1,267-2,997±1,520%, kandungan lemak pada organ ovarium berkisar antara 4,543±3,058-6,140±1,656% dan kandungan lemak pada organ testis 8,39%, kandungan lemak otot ikan timpakul hampir tidak memiliki korelasi/hubungan dengan berat organ, kandungan lemak otot ikan timpakul tidak memliki korelasi/ hubungan dengan tempat pengambilan sampel (di sungai dan di mangrove), dan kandungan lemak otot ikan timpakul tidak memiliki perbedaan berdasarkan jenis kelamin.

Kata kunci : lemak, Periophthalmodon schlosseri,  otot, gonad