Opini audit dari BPK RI atas LKPD untuk tahun 2014-2016 menunjukkan perkembangan yang positif dari tahun ke tahun, dimana opini WTP mengalami peningkatan yang signifikan dan opini Non WTP mengalami penurunan. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan kinerja pemerintah daerah di Indonesia yang memperoleh opini WTP dan Non WTP dari BPK RI periode tahun 2014-2016. Kinerja pemerintah daerah yang dianalisis dalam penelitian ini adalah kinerja keuangan pemerintah daerah dan kinerja penyelenggaraan pemerintahan daerah. Variabel kinerja keuangan daerah diukur dengan rasio keuangan ( rasio derajat desentralisasi, rasio kemandirian, rasio efektivitas, rasio pertumbuhan) dan kinerja penyelenggaraan pemerintahan daerah diukur dengan skor Evaluasi Kinerja Penyelenggaraan Pemerintahan Daerah (EKPPD). Metode pengambilan sampel yang digunakan adalah purposive sampling dengan teknik judgment sampling. Sampel dalam penelitian ini 216 kabupaten/kota, terdiri dari 108 kabupaten/kota yang beropini WTP dan 108 kabupaten/kota yang beropini Non WTP. Pengujian hipotesis menggunakan uji nonparametrik ‘Mann-Whitney U Test’.  Hasil dari penelitian ini, menyatakan bahwa kinerja keuangan daerah pada pemerintah kabupaten/kota se-Indonesia yang memperoleh opini WTP berbeda secara signifikan dan lebih baik daripada pemerintah kabupaten/kota se-Indonesia yang memperoleh opini Non WTP. Demikian juga untuk kinerja penyelenggaraan pemerintahan daerah, pemerintah kabupaten/kota se-Indonesia yang memperoleh opini WTP berbeda secara signifikan dan lebih baik daripada pemerintah kabupaten/kota se-Indonesia yang memperoleh opini Non WTP.