Sekuen D-loop mtDNA kuda telah digunakan sebagai penentu jarak genetika untuk mengetahui migrasinya (sebarannya). Data genetika geografi mtDNA kuda berasal dari berbagai belahan dunia, seperti China, Korea, Germany, France, Switzerland, Russia, Poland, Ireland, Morocco, dan USA. Penelitian ini dilakukan dengan cara mengumpulkan sekuen sebanyak 513 data dari GenBank NCBI. Selanjutnya dianalisis dengan menggunakan metode Spreadsheet, PHYLIP, dan ANN yang kemudian divisualisasi menggunakan TreeView dan MatLab. Hasilnya menunjukkan bahwa jarak genetika antar individu sekuen kuda dengan Spreadsheet adalah 0 yang terdapat pada KC147203 (France) dengan KC147072 (Switzerland) dan pusat migrasi ada di Korea. Jarak genetika antar individu sekuen kuda dengan PHYLIP adalah 100% yang terdapat pada KC147203 (France) dengan KC147072 (Switzerland) dan pusat migrasi ada di Russia. Jarak genetika antar populasi sekuen kuda dengan Spreadsheet adalah 0,246 yang terdapat pada populasi France dengan Switzerland dan pusat migrasi ada di Korea. Jarak genetika antar populasi sekuen kuda dengan ANN adalah 7,3753E-14 yang terdapat pada populasi France dengan Switzerland dan pusat migrasi ada di Morocco.