Penelitian dilaksanakan pada tanggal 21 – 28 Maret 2018 di Perairan Teluk Balikpapan yang terletak di Kota Balikpapan dan Kabupaten Penajam Paser Utara Provinsi Kalimantan Timur, merupakan salah satu teluk dengan aktivitas terpadat di Indonesia dengan tipe perairan semi tertutup dan kedalaman yang beragam. Tujuan dari penelitian ini ialah untuk memetakan dan mengetahui kondisi distribusi spasial baku dan status mutu perairan Teluk Balikpapan secara vertikal. Metode sampling yang digunakan ialah metode Purposive Sampling, selanjutnya analisis data mengacu pada baku mutu Keputusan Menteri Lingkungan Hidup (KepMen LH) No. 51 Tahun 2004 tentang Baku Mutu Air Laut untuk biota laut dan pelabuhan, sedangkan untuk mengetahui tingkat pencemaran atau status mutu perairan mengacu pada KepMen LH No. 115 Tahun 2003 tentang Pedoman Penentuan Status Mutu Air dengan metode Indeks Pencemaran (IP). Hasil penelitian menunjukkan skala suhu berkisar antara 27,5 – 32,5°C, salinitas 17,5 – 32,5 mg/l, oksigen terlarut (DO) 5 – 7 mg/l, pH 5 – 8, fosfat 0 – 2,5 mg/l, nitrat 1,4 – 1,9 mg/l, nitrit 0 – 0,020 mg/l, seng (Zn) 0,08 – 0,16 mg/l, timbal (Pb) 0 – 0,005 mg/l, dan tembaga (Cu) 0,013 – 0,018 mg/l. Hasil analisis dengan metode IP perairan Teluk Balikapapan mengalami Cemar Ringan dan Cemar Sedang dengan skala P_ij >0 – ≤10 yang dominan berada pada bagian hulu teluk dan terdistribusi dari permukaan ke dasar perairan hingga membentuk stratifikasi, adanya stratifikasi parameter fisik-kimia dan status mutu perairan disebabkan oleh perbedaan densitas serta kedalaman perairan, selain itu diindikasikan oleh masukan massa air tawar dan perairan Selat Makassar yang terdorong oleh arus dan pasang surut di perairan teluk.