Salah satu parameter biologi dari kualitas air adalah kelimpahan plankton. Oleh karena itu, dalam penelitian ini dibuat sebuah modul program penghitung kelimpahan plankton berbasis pengolahan citra telah dibuat. Modul program dibuat dengan menggunakan program GUI MATLAB R2013b. Tahap-tahap yang dilakukan dalam penelitian yaitu pengambilan sampel di Sungai Kemuning, pengambilan citra dengan menggunakan mikroskop yang dilengkapi webcam, penghitungan secara manual plankton, dan penghitungan dengan pengolahan citra digital. Pada tahapan pengolahan citra digital terlebih dahulu dilakukan proses seleksi untuk memilih bagian yang terdapat plankton, kemudian tahap pengolahan citra dengan menggunakan metode segmentasi (thresholding, deteksi tepi, dan watershed) dan operasi morfologi (dilasi dan erosi, region filling, dan opening), setelah itu dihitung jumlah plankton dengan operasi pelabelan dan dihitung kelimpahan plankton. Nilai akurasi dari pengujian perhitungan objek dengan menggunakan objek buatan adalah 95,1%, sedangkan pengujian perhitungan 389 plankton didapatkan nilai akurasi yaitu 90%, sementara itu akurasi kelimpahan plankton dari 9 sampel air sungai diperoleh sebesar 89%.