Busuk umbi adalah salah satu penyakit penting pada bawang merah yang disebabkan oleh Fusarium oxysporum. Akhir-akhir ini salah satu alternative yang banyak digunakan dalam pengendalian penyakit busuk umbi adalah dengan penggunaan agen hayati seperti endofit. Endofit adalah mikroorganisme yang tumbuh di dalam jaringan tanaman tanpa menimbulkan penyakit. Endofit diduga mampu menghasilkan berbagai senyawa fitokimia yang dihasilkan oleh tanaman inangnya. Daun jarak pagar (Jatropha curcas L.) merupakan salah satu bagian tanaman yang banyak mengandung metabolit sekunder. Uji fitokimia pada bagian tanaman jarak pagar menunjukkan bahwa tanaman jarak pagar mengandung alkaloid, flavonoid dan saponin yang bersifat antimikroba yang berpotensi sebagai agen pengendali patogen tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh pemberian beberapa isolat endofit dan pengaruh terbaik isolat endofit terhadap pertumbuhan Fusarium oxysporum pada bawang merah secara in vitro. Penelitian ini menggunakan metode eksplorasimenggunakan rancangan acak lengkap (RAL) satu faktor dengan 10 perlakuan diulang sebanyak tiga kali. Hasil isolasi endofit dari daun jarak pagar diperoleh 9 isolat endofit dengan rasio pertumbuhan 4,5 cm/ 2 hari. Berdasarkan hasil analisis ragam one way anova dengan uji F pada taraf 5% variabel nilai persen hambat isolat endofit terhadap Fusarium oxysporum menunjukkan hasil yang berbeda. Persentase hambatan berkisar antara 38,33-74,44. Perlakuan terbaik dalam menghambat pertumbuhan Fusarium oxysporum secara in vitro adalah PA4b dan yang terendah adalah PA2b. Hasil persen hambat dari tiap endofit berhubungan dengan pertumbuhan endofit saat masa observasi dimana endofit B4b menunjukkan pertumbuhan tertinggi.