Padi (Oryza sativa L) merupakan bahan pangan bagi sebagian besar penduduk dunia, termasuk Indonesia. Oleh karena itu, tanaman ini menjadi salah satu komoditas pertanian yang memiliki prioritas penting dalam program ketahanan pangan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik padi lokal lahan rawa di Indonesia berdasarkankarakteristikagro-morfologi. Sebanyak 109varietas padi rawa yang dikoleksi dari lahan rawa Pulau Sumatera dan Kalimantan telah ditanam dan diamati di kebun percobaan Belandean, BALITTRA,  dari Mei sampai Oktober 2020. Karakterisasi agro-morfologi dilakukan menggunakan buku panduan rice descriptor,dengan tiga kali ulangan untuk setiap varietas. Analisis data dilakukan dengan menabulasi karakter yang didapatkan menggunakan program komputer microsoft excel. Hasil Analisis Shanon menunjukkan padi lokal rawa di Indonesia memiliki keragaman genetik yang rendah yang ditunjukan oleh rata-rata nilai indeks Shanon sebesar 0,42. Salah satu keragaman dimiliki oleh gabah, berdasarkan sub-spesies padi rawa terbagi menjadi tiga kriteria, yaitu indica (71%), javanica (7%), dan intermediet (22%). Sementara itu, berdasarkan tipe endosperm, sebagian besar padi rawa tergolong  padi biasa atau non-ketan, dengan presentase 92%. Hasil analisis PCA menegaskan bahwa variasi genetik plasma nutfah ini disumbang oleh beberapa karakter seperti tinggi tanaman, jumlah anakan, panjang daun, panjang malai, jumlah cabang malai primer, panjang tangkai malai, lebar daun bendera, jumlah bulir tiap malai, jumlah bulir fertil tiap malai, dan tebal benih. Analisis klaster menunjukkan padi lokal lahan rawa yang diamati terbagi menjadi 9 klaster utama berdasarkan kesamaan beberapa karakter. Dari hasil dendogram memperlihatkan kekerabatan genetik paling dekat ditunjukkan oleh varietas Ketan Bundel dan Ketek Semut dengan indek similaritas 0,93 sedangkan kekerabatan paling jauh ditunjukkan oleh varietas Siam Ganal dan Ketan Merah Bule dengan indeks similaritas 0,59 dan varietas unggul sebagai pembanding Pelita Bogor memiliki kekerabatan dekat dengan varietas Limbo Sawo dengan indeks similaritas 0,92. Informasi ini diharapkan sangat bermanfaat untuk mendukung program pelestarian dan pemuliaan padi di Indonesia, terutama dalam pengembangan varietas khususnyapadi lahan rawa.

Kata kunci :  Oryza sativa L., variasi genetik, plasma nutfah, pemuliaan padi.