Penelitianini bertujuan untuk mengetahui kerusakan bibit mahoni (Swietenia mahagoni (L.) Jacq) melalui penyebab kerusakan, lokasi kerusakan, tipe kerusakan, dan tingkat keparahan serta menghitung intensitas kerusakan pada bibit mahoni (S. mahagoni (L.) Jacq) melalui metode Enviromental Monitoring and Assesment Program (EMAP). Penelitian ini menggunakan dua jenis data yaitu data primer dan data sekunder. Data primer didapatkan saat melakukan observasi di lapangan dengan mengamati secara langsung kondisi fisik bibit mahoni dengan cara dianalisis sesuai dengan kriteria dan persyaratan panduan EMAP, pengumpulan data sekunder dilakukan dengan mengumpulkan dan mengukur data dari instansi yang bertanggung jawab atas kondisi lingkungan lokasi penelitian seperti lokasi pembibitan, cuaca dan curah hujan.  identifikasi kerusakan bibit mahoni paling dominan disebabkan oleh dua penyebab serangan sekaligus yaitu serangga/hama dan penyakit sebesar 26,28%, dengan lokasi yang dominan terserang yaitu pada daun sebesar 70,42% dan tipe kerusakan yang paling banyak berupa daun rusak dan perubahan warna daun yaitu sebesar 367 tipe, sedangkan tingkat keparahan paling dominan yaitu 30%-39% sebesar 30,42%, kemudian intensitas serangan serangga/hama dan penyakit keseluruhan sebesar 69,85%, intensitas serangan serangga/hama sebesar 13,85%, intensitas serangan penyakit sebesar 19%, persentase bibit sehat sebesar 9,14% dan persentase bibit mati sebesar 21%. Kerusakan bibit akibat serangan serangga/hama, penyakit, persaingan tumbuhan, dan kegiatan manusia masuk dalam kategori rusak parah. Diperlukan pengendalian serangga atau hama terpadu (PHT) dengan menggabungkan seputar kontrol pengendalian yang kompatibel yaitu karantina pada tanaman, fisik, mekanik, kehutanan, kimia dan biologi.